正所谓成也萧何败也萧何，麹文泰写信本意是要帮玄奘，可他忘了高昌国与阿耆尼国之间的关系--高昌国是当时西域中部比较强大的国家，虽然不敢得罪西突厥，但对伊吾和阿耆尼这样的小国却是呼来唤去，还经常派兵侵扰阿耆尼国。正因为欺负惯了，麹文泰在给阿耆尼王信里的语气可能也比较强硬，所以阿耆尼国王看完信后就把新仇旧恨全都算在了玄奘身上。
无辜的玄奘成了两国矛盾的牺牲品，为了避免更多的麻烦，玄奘没有在阿耆尼国多加停留，而是带着取经队伍继续西行。尽管行色匆匆，但阿耆尼国还是给玄奘留下了非常深刻的印象：
从"阿父师泉"的感动到银山遇劫，从商人的自私最终丧命到国王的心胸狭小，玄奘深深的感到了在小乘佛教的教化下，自私自利给国家和民众带来的恶果，也更加坚定了只有大乘佛教才能教化万民普渡众生的信念。《大唐西域记》之所以把阿耆尼国摆在第一个，恐怕不仅仅是因为行程和地理位置的缘故，更可能是玄奘刻意所为--从一个恶劣的国家开篇，既说明西行之路的艰难，也是在摆实例告诉我们，小乘佛教不可取，唯有大乘真经方可解救众生。
一时的窘境并不意味着一输到头，开始的时候踉跄一下，反而会让人以一种更加清醒的姿态去面对未知的旅程。因此，玄奘虽然是有些"灰溜溜"的离开阿耆尼国，但他却做到了"冷眼旁观"。
由于没能在阿耆尼王城得到充分的休整，所以玄奘一行很可能是在博斯腾湖畔补充水源，然后沿着发源于博斯腾湖的孔雀河南下，经由南北疆要冲铁门关后南下，然后才进入南疆地区（今新疆库尔勒一带）。
有的史料记载玄奘一行渡过了一条大河，有的记载是两条，从实际情况看，由于孔雀河在流出博斯腾湖后首先是自东向西在铁门关和库尔勒之间穿过，绕过库尔勒后折向由北向南，然后往东南经尉犁注入罗布泊，大体呈逆时针方向。因此，如果玄奘在离开博斯腾湖后是沿孔雀河北岸前行，那么就需要在铁门关先渡一次河来到南岸，经过库尔勒后再渡一次河才能继续西行；如果玄奘离开博斯腾湖后是沿孔雀河南岸前行，那么就能省去铁门关这一次渡河，直接进入库尔勒地区。所以，不论一次还是两次，玄奘所渡过的"大河"都是孔雀河，前者是指渡过的一条河是孔雀河，后者是指两次渡过孔雀河。
渡过孔雀河后，马队继续西行，经过几百里的坦途，又来到了另一个重要的西域国家--龟兹（今新疆库车）。
龟兹，又称丘慈、邱兹、丘兹，是西域最古老的国家之一，其辖境以库车绿洲为中心，定都延城，唐代又称伊逻卢城（今新疆库车东郊皮朗古城）。龟兹在西汉时隶属于匈奴，直到汉昭帝元凤四年（公元前77年）才归服于汉。不久，汉朝在龟兹设立西域都护，王莽时再次臣服匈奴。汉和帝永元三年（公元91年），龟兹降汉，汉朝派班超为都护经营西域。魏晋南北朝时，龟兹先后臣服于曹魏、西晋、前凉、前秦、北凉、北魏，虽然一度为柔然所控制，但始终与中原保持联系。到了玄奘所处的隋末唐初，龟兹和大部分西域国家一样也是西突厥的属国。
丝绸之路在西域境内分作三条，龟兹正是中路上最重要的国家。当时，为了防止高昌国的势力向南疆扩张，龟兹便扶持地处两国之间的阿耆尼国作为缓冲。阿耆尼国之所以能在西突厥、高昌等大国的夹缝中生存，除了盛产银矿比较富有之外，很大程度上是靠着龟兹国的支持。这一点玄奘很可能也听说了，他担心自己高昌王"御弟"的身份会惹来尴尬，所以十分低调的进入了龟兹境内。
玄奘一边前行，一边领略龟兹浓郁的异域风情。说到龟兹，就不能不提到龟兹的音乐，其中又以管弦乐水平最高，在西域诸国里最为出名。
前秦建元十八年（公元382年），大将吕光攻略西域、灭龟兹，将著名的龟兹乐带到凉州。在凉州，龟兹乐和当地的民乐相互融合，形成了独具特色的西凉音乐，也就是隋炀帝《九部乐》中的《西凉》部。
前凉灭亡后，龟兹乐散落各地，直到北魏统一北方后才重新把龟兹乐集中起来。龟兹乐和西凉乐一起成为北朝最为流行的一种音乐。后来的隋朝几乎原原本本的继承了北朝的音乐形式，专门讲述龟兹音乐的就有《西国龟兹》、《齐朝龟兹》、《土龟兹》等著作，龟兹乐也随着政治的统一而逐渐从西北一隅走向全国。
