极微是依色的极量边际所假立的名称，色法並非由極微所聚合,而是由四大聚合所成的，四大是众生的第八识共同变现出来的，并由第八识所执持，以形成色法——宇宙器世间、有情色身等。无形无色的第八识心能变生出物质，此理亦复难解，故需要举例说明。譬如科学研究发现物质与能量之间可以相互转换，原子弹爆炸就是物质转化为能量的过程，无形无色的能量也能转化为基本粒子，再组成有形的物质。四大的极微类似于这种能转化为物质的“能量”，但是四大极微不是自然而有的，而是由本心第八识所变现的，是以四大极微不能外于自心藏识而存在，故《大智度论》卷三十六，龙树菩萨言：
“是微尘有大有中有小，大者游尘可见，中者（微尘）诸天所见，小者（极微）上圣人天眼所见，慧眼观之则无所见，所以者何？性实无故。”
有人认为生命完全是依物质聚合而有，若物质分离，生命即坏，并无不灭的精神体往来三世，故物质就是生命之真相，这是古印度顺世论外道的观点，后来演化为唯物论。
三、三界唯心
本心第八识虽然无形无色，然能摄持物质，譬如磁铁所生之引力，无形无色，却能吸引铁块。阿赖耶识具有一种功能——大种性自性，法尔如是能“团聚”四大极微成器世间及众生之色身。“心”能造物的原理，如《楞伽经》（四卷本）卷二，佛言：
“大慧！彼四大种、云何生造色？谓津润妄想大种，生内外水界；堪能炎盛妄想大种，生内外火界；飘动妄想大种，生内外风界；断截色妄想大种，生内外地界；色及虚空俱，计著邪谛，五阴集聚四大造色生。”
所谓内界是指众生的色身，外界是指供众生所生活的器世间。
第八识阿赖耶识住于受精卵中，执持受精卵成长为胎儿。由藏识中含藏“断截色妄想大种”，藏识能将母体血液中的营养物质（四大种）变生为胎儿自身的筋骨肉等内地界；由胎儿的藏识中含藏“津润妄想大种”，藏识能藉母体所提供的营养，变生出胎儿的体液等内水界；由胎儿的藏识中含藏“堪能炎盛妄想大种”，藏识能变生出胎儿的内火界，以保持体温；由藏识中含藏“飘动妄想大种”，藏识能变生出胎儿的内风界，令五脏六腑运行。等胎儿渐渐长大，眼、耳、鼻、舌成就，六根具足，根尘相触，藏识就会生出六识的见闻觉知心，来了知外境。因此，有情的色身——不论天人之高大色身， 还是病毒之微小色身，以及他们的见闻觉知心，都是有情的藏识藉缘所生。
内界（色身）如是由藏识所造，众生所居之外界（器世间）亦复如是由藏识所造。以共业众生之藏识中有“断截色妄想大种”，故于虚空中团聚微尘以形成星球、大地、山石等；以共业众生藏识中有“津润妄想大种”，故山河大地有种种水生，滋润草木；由共业众生藏识中有“堪能炎盛妄想大种”，故有种种可燃物；由共业众生藏识中有“飘动妄想大种”，故有气流流动，器世间由此形成。当坏劫来临，器世间碎如微尘，散于虚空。等到成劫之时，造有共业众生之藏识又会将微尘再次团聚为新的器世间。如此世界成了又坏，坏了又成，周而复始，皆是藏识之作用。
藏识具有能造有情色身与器世间的功能，故《成唯识论》卷二云：
“阿赖耶识因缘力故，自体生时，内变为种及有根身，外变为器。即以所变为自所缘，行相仗之而得起故。”
无形物（藏识）能变造有形物（三界器世间及有情色身），譬如电脑的硬盘（藏识）能储存无形无色的数据（万法的种子），数据经过处理转换，显示器上就有山河大地、人畜草木等图像（器世间及有情色身）。藏识造物的原理与此类似，然此理迥异于人们的认知习惯，极难理解与接受。
有人会问：地球是共业众生的藏识所造，那么地球的哪一部分才是自己的藏识所造？器世间的形成是由共业众生之藏识共同作用的结果，很难确认哪一部分才是自己的藏识所造。对此《成唯识论》卷二有一个形象的比喻，譬如无数盏明灯同时照耀一个房间，很难说房间的某一处一定是由哪一盏灯照亮的。
又有人问：既然众生和器世间都是藏识所造，为什么藏识所造的色身以及器世间有优有劣？这是因为藏识在造众生和器世间时，所依据的是藏识中所集藏的善恶业的业种。当藏识中所集藏的善业种子势力大的时候，所造的色身和器世间就殊胜，反之则丑陋。是故共业众生所造的善恶业，会影响器世间的现况。《佛说业报差别经》言：“若有众生，于十不善业多修习故，感诸外物，悉不具足：一者，以杀业故，令诸外报，大地碱卤，药草无力；二者，以盗业故，感外霜、雹、螽、蝗虫等，令世饥馑；三者，邪淫业故，感恶风雨，及诸尘埃；四者，妄语业故，感生外物，皆悉臭秽；五者，两舌业故，感外大地，高下不平，峻崖险谷，株杌槎菜；六者，恶口业故，感生外报，瓦石沙砾，粗涩恶物，不可触近；七者，绮语业故，感生外报，令草木稠林，枝条棘刺；八者，以贪业故，感生外报，令诸苗稼，子实微细；九者，以瞋业故，感生外报，令诸树木，果实苦涩；十者，以邪见业故，感生外报，苗稼不实，收获鲜少。以是十业，得外恶报”。反过来，如果大家都能去恶修善，那么整个世界将会变得风调雨顺，景色宜人，此即是“心净则国土净”的道理。我国古代阴阳家提出“天人合一”、“人天感应”的主张，有一定的道理，但是他们无法了知这些现象背后的原理。如果藏识可以脱离内部的“业种”而“随心所欲”地造物，那么所造之物要么十全十美，要么杂乱无章，毫无规律可言。
关于地球生命的起源（佛教并不认为生命是有起源的，），当今科学界占主导地位的是进化论的观点。进化论认为：原始地球上的氢气、氨气、甲烷和水蒸气等在闪电的作用下发生化学反应，产生氨基酸、核苷酸等有机小分子物质；有机小分子物质再经聚合形成蛋白质、核酸等大分子物质；大分子物质又组成多分子体系，逐渐演化为单细胞生物；单细胞生物进化为无脊椎动物，再进化到脊椎动物，经由鱼类、两栖类、爬行类、鸟类、哺乳类，直到由古猿进化到人类。其实“进化论”只是一种假说，其理论与事实出入太大，论证模棱两可，结论也无法重复，到二十世纪后半叶，随着细胞研究成果的突飞猛进，进化论越来越受到科学界的质疑。
单细胞生物是人类所知的最简单、最微小的生命形态，如细菌。一小滴培养液可以培养数亿细菌。起初，人们以为细胞只是一小团浆糊状的物质，并不复杂。随着科技的进步，科学家发现细胞的复杂程度是进化论的创始人——达尔文所无法想象的。譬如将细菌的鞭毛（细菌的运动器官）放大到５万倍时，就看到细菌的鞭毛是由各种精密的部件——推进器、钩状区、传动轴等组合而成的驱动系统。尽管鞭毛的分子驱动机以高速度旋转，但是能立即制动并做反方向转动。细菌的鞭毛是由40多种蛋白分子组成的精密“仪器”，去掉其中的任何一个部件，整个系统就会失去功能。如此复杂的系统只能是被“设计”出来的，而非蛋白质自动聚合而成。
如果细菌的鞭毛是进化来的，那么在进化出完整的鞭毛之前，半成品的鞭毛就是毫无用处的“累赘”。按进化论的观点，物种在进化过程中，随机的遗传与变异，只有在有利于有机体生存时，自然选择才可以成功；因此，这个毫无用处的半成品鞭毛，在进化时就不会被自然选择所保留并遗传给下一代。是以达尔文本人亦发觉进化论的缺陷，他说：“确有某种复杂的器官是不可能经由无数渐进且微小的变异而形成，那我的理论就会彻底崩溃。”
即使是最简单的细胞也是由数千种不同类型的蛋白分子构成的，蛋白质分子不可能自行随意拼装成复杂的生命体。单细胞生物尚且如此，何况是复杂的人体。如果蛋白质可以自行组成如此复杂的人体系统，那么将各种金属混在一起，只要时间足够长，这些金属就可以自动“进化”成为一台计算机了。
由于进化论解释不了第一个细胞产生的原因，也解释不了地球生物突然出现的多样性与复杂性。故1993年加州大学柏克利分校的詹腓力教授邀请了一批科学家、哲学家共同探讨生命起源的问题。他们认为，生命与非生命物质之间有不可逾越的鸿沟，生命并非起源于一次偶然的化学变化，生命是被某种有智慧的“东西”设计创造出来的，并因此提出了“智慧设计论”。这次聚会被做成视频——《智慧设计论——揭开生命的奥秘》，内容很震撼人心。与会的生物学家尼尔逊说：“当我看到这些分子机器以及细胞分裂这个难以置信的复杂过程，我想问的是：‘在这些事物后面是否有一种智慧？这些结构是否有计划、有目的？’科学应当寻求世界的真相。我们不该有偏见，不能说因为我们不喜欢这种解释（智慧设计论），就把它弃置一旁。”
佛教实证：每一个有灵性的生命，大到鲸鱼，小到细菌，的确是被一个拥有智慧的“东西”严格地按照内在的逻辑制造出来的，这个“东西”就是它们各自的第八识阿赖耶识，而非其他。西方的生物学家经观察推导出生命不可能是由化学变化合成的，而是由独立于物质和能量的“第三种实体”——“信息体”以智慧设计出来的。譬如西方科学家斯蒂芬•梅尔说：
“在十九世纪，科学家相信只有两种实体——物质和能量，但是当我们进入21世纪的时候，科学界普遍认同还有第三种实体的存在，那就是信息。因此，当我们面临生物信息的时代，一种猜疑正在兴起，也就是我们在DNA分子中所看到的，实际上它是一种思想意志、一种智慧的产物，它也只能用智慧设计论来作解释。”
其实，斯蒂芬•梅尔所谓的独立于物质和能量的“第三种实体”——“信息体”，就是佛教所说的集藏一切信息的第八识阿赖耶识。由于科学家没有关于第八识的知见，第八识也无法用科学仪器检测到（只能以悟的方式一念相应到），故斯蒂芬•梅尔等科学家不知道，更无法找到第八识这个“信息体”。是以他们虽然放弃了进化论，难免会落入臆想，或者重新投入“上帝创造万物”的神创论的怀抱中。
生命不可能是上帝创造出来的，若承认神创论，则会衍生出无量的过失。譬如：生命若是由上帝创造的，那么上帝无慈无悲，让所造的众生受诸苦难；若上帝是纯善无恶的，善只能生善，又怎么会造出邪恶；若众生是上帝所造，则众生都附属于上帝所有，那么众生所造的恶业，也归于上帝，应当由上帝受诸恶果……是以万物决定不是上帝创造出来的。一神教的信众因为不明“三界唯心造”的道理，无法参透生命的奥秘，故将自心藏识所具有的功能作用，推给了上帝。
或谓当今的克隆现象是以科学的手段创造生命，其实并非如此。克隆动物的生长仍然不能离开阿赖耶识的作用。当科学家以人工手段合成动物胚胎时，若合成的动物胚胎符合藏识入住的条件时，便会有有缘众生的中阴身“带着”它的第八识阿赖耶识入住其中（中阴身，详见第二章、第五节之“轮回的过程及原理”部分），复于中阴身消失以后，由藏识执持此胚胎生长，否则胚胎即会坏死。人工授精，乃至蚯蚓断为两截，首尾皆能成活，原理与此相同。克隆过程不可离开藏识的作用，譬如克隆羊“多莉”诞生之过程，科学家先提取母羊的卵细胞，并除去卵细胞的细胞核，再提取另外一只羊的体细胞的细胞核，移进已除去细胞核的卵细胞中，待这个“合成”的细胞在试管中发育成胚胎后，将其植入母羊的子宫，几个月后，母羊分娩所产下的小羊，就是克隆羊“多莉”。在克隆羊的过程中，科学家所要做的只是通过手术，合成一个“新细胞”，并提供新细胞生长所需要的环境，接下来细胞的生长，都由住入此“合成”细胞中的第八识来完成，科学家根本无能为力。科学家无法发现细胞生长背后有第八识阿赖耶识在起作用，还以为细胞能够自行生长，自我复制，甚或以为生命是由他们制造出来的。
“三界唯心”、“万法唯识”是佛教的根本理论，有人据此指责佛教是“唯心主义”，这里先辨析作为哲学两大阵营——唯物论与唯心论的偏颇之处，再来区别“三界唯心”与“唯心主义”之不同。
哲学有一个基本的问题，就是物质与意识（精神）谁是第一性的问题，也就是先有物质还是先有意识（精神）的问题，并据此划分唯物主义、唯心主义。唯物论主张先有物质后有意识、意识是物质的产物。唯心论主张先有意识（精神）后有物质、物质是意识（精神）的产物。
