又有人问：既然众生和器世间都是藏识所造，为什么藏识所造的色身以及器世间有优有劣？这是因为藏识在造众生和器世间时，所依据的是藏识中所集藏的善恶业的业种。当藏识中所集藏的善业种子势力大的时候，所造的色身和器世间就殊胜，反之则丑陋。是故共业众生所造的善恶业，会影响器世间的现况。《佛说业报差别经》言：“若有众生，于十不善业多修习故，感诸外物，悉不具足：一者，以杀业故，令诸外报，大地碱卤，药草无力；二者，以盗业故，感外霜、雹、螽、蝗虫等，令世饥馑；三者，邪淫业故，感恶风雨，及诸尘埃；四者，妄语业故，感生外物，皆悉臭秽；五者，两舌业故，感外大地，高下不平，峻崖险谷，株杌槎菜；六者，恶口业故，感生外报，瓦石沙砾，粗涩恶物，不可触近；七者，绮语业故，感生外报，令草木稠林，枝条棘刺；八者，以贪业故，感生外报，令诸苗稼，子实微细；九者，以瞋业故，感生外报，令诸树木，果实苦涩；十者，以邪见业故，感生外报，苗稼不实，收获鲜少。以是十业，得外恶报”。反过来，如果大家都能去恶修善，那么整个世界将会变得风调雨顺，景色宜人，此即是“心净则国土净”的道理。我国古代阴阳家提出“天人合一”、“人天感应”的主张，有一定的道理，但是他们无法了知这些现象背后的原理。如果藏识可以脱离内部的“业种”而“随心所欲”地造物，那么所造之物要么十全十美，要么杂乱无章，毫无规律可言。
关于地球生命的起源（佛教并不认为生命是有起源的，），当今科学界占主导地位的是进化论的观点。进化论认为：原始地球上的氢气、氨气、甲烷和水蒸气等在闪电的作用下发生化学反应，产生氨基酸、核苷酸等有机小分子物质；有机小分子物质再经聚合形成蛋白质、核酸等大分子物质；大分子物质又组成多分子体系，逐渐演化为单细胞生物；单细胞生物进化为无脊椎动物，再进化到脊椎动物，经由鱼类、两栖类、爬行类、鸟类、哺乳类，直到由古猿进化到人类。其实“进化论”只是一种假说，其理论与事实出入太大，论证模棱两可，结论也无法重复，到二十世纪后半叶，随着细胞研究成果的突飞猛进，进化论越来越受到科学界的质疑。
单细胞生物是人类所知的最简单、最微小的生命形态，如细菌。一小滴培养液可以培养数亿细菌。起初，人们以为细胞只是一小团浆糊状的物质，并不复杂。随着科技的进步，科学家发现细胞的复杂程度是进化论的创始人——达尔文所无法想象的。譬如将细菌的鞭毛（细菌的运动器官）放大到５万倍时，就看到细菌的鞭毛是由各种精密的部件——推进器、钩状区、传动轴等组合而成的驱动系统。尽管鞭毛的分子驱动机以高速度旋转，但是能立即制动并做反方向转动。细菌的鞭毛是由40多种蛋白分子组成的精密“仪器”，去掉其中的任何一个部件，整个系统就会失去功能。如此复杂的系统只能是被“设计”出来的，而非蛋白质自动聚合而成。
如果细菌的鞭毛是进化来的，那么在进化出完整的鞭毛之前，半成品的鞭毛就是毫无用处的“累赘”。按进化论的观点，物种在进化过程中，随机的遗传与变异，只有在有利于有机体生存时，自然选择才可以成功；因此，这个毫无用处的半成品鞭毛，在进化时就不会被自然选择所保留并遗传给下一代。是以达尔文本人亦发觉进化论的缺陷，他说：“确有某种复杂的器官是不可能经由无数渐进且微小的变异而形成，那我的理论就会彻底崩溃。”
即使是最简单的细胞也是由数千种不同类型的蛋白分子构成的，蛋白质分子不可能自行随意拼装成复杂的生命体。单细胞生物尚且如此，何况是复杂的人体。如果蛋白质可以自行组成如此复杂的人体系统，那么将各种金属混在一起，只要时间足够长，这些金属就可以自动“进化”成为一台计算机了。
由于进化论解释不了第一个细胞产生的原因，也解释不了地球生物突然出现的多样性与复杂性。故1993年加州大学柏克利分校的詹腓力教授邀请了一批科学家、哲学家共同探讨生命起源的问题。他们认为，生命与非生命物质之间有不可逾越的鸿沟，生命并非起源于一次偶然的化学变化，生命是被某种有智慧的“东西”设计创造出来的，并因此提出了“智慧设计论”。这次聚会被做成视频——《智慧设计论——揭开生命的奥秘》，内容很震撼人心。与会的生物学家尼尔逊说：“当我看到这些分子机器以及细胞分裂这个难以置信的复杂过程，我想问的是：‘在这些事物后面是否有一种智慧？这些结构是否有计划、有目的？’科学应当寻求世界的真相。我们不该有偏见，不能说因为我们不喜欢这种解释（智慧设计论），就把它弃置一旁。”
佛教实证：每一个有灵性的生命，大到鲸鱼，小到细菌，的确是被一个拥有智慧的“东西”严格地按照内在的逻辑制造出来的，这个“东西”就是它们各自的第八识阿赖耶识，而非其他。西方的生物学家经观察推导出生命不可能是由化学变化合成的，而是由独立于物质和能量的“第三种实体”——“信息体”以智慧设计出来的。譬如西方科学家斯蒂芬•梅尔说：
“在十九世纪，科学家相信只有两种实体——物质和能量，但是当我们进入21世纪的时候，科学界普遍认同还有第三种实体的存在，那就是信息。因此，当我们面临生物信息的时代，一种猜疑正在兴起，也就是我们在DNA分子中所看到的，实际上它是一种思想意志、一种智慧的产物，它也只能用智慧设计论来作解释。”
其实，斯蒂芬•梅尔所谓的独立于物质和能量的“第三种实体”——“信息体”，就是佛教所说的集藏一切信息的第八识阿赖耶识。由于科学家没有关于第八识的知见，第八识也无法用科学仪器检测到（只能以悟的方式一念相应到），故斯蒂芬•梅尔等科学家不知道，更无法找到第八识这个“信息体”。是以他们虽然放弃了进化论，难免会落入臆想，或者重新投入“上帝创造万物”的神创论的怀抱中。
生命不可能是上帝创造出来的，若承认神创论，则会衍生出无量的过失。譬如：生命若是由上帝创造的，那么上帝无慈无悲，让所造的众生受诸苦难；若上帝是纯善无恶的，善只能生善，又怎么会造出邪恶；若众生是上帝所造，则众生都附属于上帝所有，那么众生所造的恶业，也归于上帝，应当由上帝受诸恶果……是以万物决定不是上帝创造出来的。一神教的信众因为不明“三界唯心造”的道理，无法参透生命的奥秘，故将自心藏识所具有的功能作用，推给了上帝。
或谓当今的克隆现象是以科学的手段创造生命，其实并非如此。克隆动物的生长仍然不能离开阿赖耶识的作用。当科学家以人工手段合成动物胚胎时，若合成的动物胚胎符合藏识入住的条件时，便会有有缘众生的中阴身“带着”它的第八识阿赖耶识入住其中（中阴身，详见第二章、第五节之“轮回的过程及原理”部分），复于中阴身消失以后，由藏识执持此胚胎生长，否则胚胎即会坏死。人工授精，乃至蚯蚓断为两截，首尾皆能成活，原理与此相同。克隆过程不可离开藏识的作用，譬如克隆羊“多莉”诞生之过程，科学家先提取母羊的卵细胞，并除去卵细胞的细胞核，再提取另外一只羊的体细胞的细胞核，移进已除去细胞核的卵细胞中，待这个“合成”的细胞在试管中发育成胚胎后，将其植入母羊的子宫，几个月后，母羊分娩所产下的小羊，就是克隆羊“多莉”。在克隆羊的过程中，科学家所要做的只是通过手术，合成一个“新细胞”，并提供新细胞生长所需要的环境，接下来细胞的生长，都由住入此“合成”细胞中的第八识来完成，科学家根本无能为力。科学家无法发现细胞生长背后有第八识阿赖耶识在起作用，还以为细胞能够自行生长，自我复制，甚或以为生命是由他们制造出来的。
“三界唯心”、“万法唯识”是佛教的根本理论，有人据此指责佛教是“唯心主义”，这里先辨析作为哲学两大阵营——唯物论与唯心论的偏颇之处，再来区别“三界唯心”与“唯心主义”之不同。
哲学有一个基本的问题，就是物质与意识（精神）谁是第一性的问题，也就是先有物质还是先有意识（精神）的问题，并据此划分唯物主义、唯心主义。唯物论主张先有物质后有意识、意识是物质的产物。唯心论主张先有意识（精神）后有物质、物质是意识（精神）的产物。
唯物论者观察到只有人体保持正常的生理活动，才有意识现象的存在，若身体失常，譬如大脑被麻醉了，或者人死了，意识就不存在了，于是据此得出了物质决定意识的结论。譬如我国南北朝时期的范缜就认为，“精神”如同刀的“锋利”，如果离开了刀（人体），就不会再有“锋利”（精神）的存在。唯物论的观点比较“实在”，很容易为人所理解、观察、接受。
唯心论者观察到物质是没有灵性的，而人是有灵性的，故人并非纯粹是物质的。譬如观察到人身（包括大脑）不过是血肉之躯，单纯的血与肉无论如何组织，都不可能产生“灵性”、“思想”。人体犹如电脑的硬件（肉体、大脑），离开了软件（心），就是一堆无用的废铁。于是唯心论者就推断：既然肉体（包括大脑）没有灵性，就没有精神与意志，那么精神（意识）必然是原本就存在的，物质只能是精神（意识）的产物，故精神（意识）是世界的本原。譬如古希腊哲学家柏拉图认为，世界是由“理念世界”与“现象（现实）世界”组成的，理念世界是真实的存在，现实世界只是理念世界的影子。中世纪经院哲学认为“灵魂”是精神实体，可以脱离肉体而存在。被誉为“现代哲学之父”的法国哲学家笛卡尔提出了“意识”与“物质”相互独立的二元论，英国经验论的代表人物巴克莱主张意识是世界的本原。唯心论的观点比较抽象，难以理解与观察。
唯物论与唯心论所作的观察与推论都有一定的道理，但也各有偏颇之处。
唯物论认为事物都是由各种因素在一定条件下组成的，都处于运动中，也都会坏灭，这类似佛教的缘起论。因为无明，唯物论者观察不到不生灭的“心”（第八识）在作用，只能观察到有生灭的“心”（识蕴的六识）的存在。识蕴的六识心，须以六根、六尘相触为缘，由藏识流注六识种子，六识心才能现起；若身体毁坏，无根、尘相触，藏识便不流注六识种子，即无六识现象。由于唯物论者只能观察有生灭的“心”的一些生灭现象——如当人的大脑被麻醉后，就没有意识的存在了，于是就得出了一切唯物的结论，这是相当片面的。并且唯物论面对一些先天因素——“秉性”、“天赋”的时候，也无法作出合理的解释。譬如俗语说“龙生龙凤生凤，老鼠天生会打洞”，为什么不用学习，老鼠天生就会挖洞？孩子生下来就会啼哭、吃奶？唯物论认为是基因携带了遗传信息所致。然遗传基因是由脱氧核糖核酸(DNA)在染色体上作特定的线状排列所决定的，DNA仅仅是一种物质（大分子聚合物），如何会具有逻辑思维性，无需其他原因就能自行排列成携带遗传信息的基因？DNA经过特定的排列组合，如何就会让人（动物）具有灵性？若一切先天因素都是遗传基因发生作用的结果，那么一母所生的双胞胎，基因大致相同，后天生活环境也相同，为何有的个性、智商会相差很大？可知，先天因素绝非是由物质（基因）决定的，先天因素，以及DNA的排列顺序必然是由能储存信息且能作用于物质的“心”（藏识）所决定的，唯有“心”才有智慧，才有“逻辑思维性”。此“心”（藏识）必然在胎儿阶段就能作用于受精卵，使得受精卵能按照“心”的“意愿”去生长，若离开“心”的作用，受精卵仅仅是一团肉（物质），没有知觉，没有灵性，绝无法自行长成人类的模样。再者，若人身仅仅是物质的积聚，那么只要持续地增加营养，身体就应该能不停地长高长大，事实显然不是这样的。是以遗传现象的背后，必然是具有灵性的“心”（藏识）在控制着这一切，唯物论无法发现此“心”（藏识）的存在，所看到只是表面现象而已。唯物论者认为“人死如灯灭”，不信轮回，不信因果报应，这种人生理念若不加以正确引导，有演化成极端利己主义的可能。今人大多信仰唯物论，过于迷信科学。科学乃三界有为法，只能研究物质世界的一些现象，无法切入“心灵”层面，是以许多科学家——如居里夫人、爱迪生、牛顿等仍有宗教信仰，且不论他们所信仰的宗教正确与否。科学发展于造福人类的同时，应朝向揭示真理以提升人类道德品质方面努力，依靠人类自身的善行所得的福报来改善现状，若将科技用于竞争劫夺，必将导致人类的自我毁灭。
