什么叫作种子熏现行？当我们一生的寿命结束以后，五根就会开始毁坏，前六识因为没有五根作为依靠，也就失去了作用而消失了；只有剩下第七识，也就是意根，祂会依附于第八识，然后慢慢地跟已经毁坏的肉身就开始慢慢分离，然后最后离开肉身，再由第八识生出中阴身。那在中阴身阶段，到底我们要去投胎，到底要怎么决定，到底这个人是要往生到哪里？其实在中阴阶段，决定往生的方向很多。
譬如说，每个人——前面所说每个人都有造作善恶业，那这些善恶业的业种就存在如来藏中，如果说恶业的势力趋势比较大，善业的趋势比较小，这时候你就会先受到恶业的果报，也就是说下堕到三恶道当中；如果说你善业的趋势大，你就会受生到三善道，也就是人、天、阿修罗这三善道当中。但是，一个人如果生为人，但是又有千差万别，有人投胎到有钱人的家里，有人就投胎到贫穷人的家里；这是因为他在过去世当中，他所作的福德资粮不同的缘故。也就是说，一个人他一生都不作布施，所以他即使当为人，他还是不会富有，因为他投胎的缘就是投胎到贫穷的家庭。那一个人经常布施，他就有可能投胎到比较富有的家庭；即使一个人投胎到贫穷的家庭，但是他过去世因为有布施的习惯，他未来也会得到福报，而不会贫穷过一生。这是属于业力的部分。
但是，并不是只有业力，还有愿力。也就是说，如果一个人他明明可以生天，但是他不愿意生天，也就是说他的福报可以生到天界，但是他不愿去天界享福，菩萨乘愿再来；这时候，因为愿力的趋势大于他前面所造的善恶业，虽然他所造的善业可以生天，但是他因为愿力的缘故，那个趋势大，所以他就投胎到人间。
除了善恶业，还有愿力，还有什么呢？还有定力。也就是说，一个人如果修学了定力，他证得初禅、二禅、三禅，乃至四空定，他就会生到色界、无色界去。但是，如果说他定力的这个福德，不及于他毁谤——恶法的趋势，即使他修得四禅、四空定，他死后因为谤法的缘故，他仍然要往三恶道，也就是下地狱。所以，虽然有了定力，但是因为善恶业的缘故，会改变他投胎的方向。当然，投胎的方向还有习气，还有你跟其他众生的缘如何，都会影响你在中阴阶段所应该投胎的方向。
那中阴身阶段呢，就是已经决定了你投胎方向了。如果说一般人往生，如果说他是投胎为人，这个人会投胎为人，都是因为有淫欲跟瞋心，然后才去受胎的，这是指一般人来说。也就是说，中阴身在投胎之前，如果他即将往生当作男人的时候，他就会在有缘的父母在和合的时候，他会起颠倒想，以为自己跟母亲在和合，对于自己的母亲也就是起了淫想，而对于父亲起了瞋心；在颠倒想当中，就被这样的境界所拘束而受胎。同样的，如果说你即将投胎为女人，那么这时候，你就会对，你在父母和合的时候，你就会对自己的母亲起瞋心，然后对自己的父亲起淫想；然后就被这样的境界束缚，将来你投胎的时候，就会变成女生。这是指一般人投胎来说。
但是，菩萨乘愿再来就不一样了。菩萨乘愿再来就是说，他可以投胎到色界天去，因为他已经断了人间的淫欲、淫欲想；他可以去色界天，但是他不愿意去，他愿意来到人间继续度化众生；所以他在中阴阶段当中，他不会起颠倒想；但是，如果不起颠倒想，他就没办法投胎，所以他故意起颠倒想，然后再投胎。也就是说，菩萨投胎他其实是跟一般人不同的。
接下来说，当投胎为人以后，也就是第七识、第八识祂会执持了受精卵，这时候受精卵就会慢慢成长，也就是说受精卵的部分会变成身根的部分，也就是身根会先长养。这时候身识就会从第八识的种子感应身根与触尘，也就是说，因为有了身根跟触尘的缘故，身识的种子就会从第八识当中感应而出生。接着，眼根就会开始增长，也就是有了身根以后，这个五根就会慢慢地长出来。然后这时候，其他的四个识也会开始长养。然后，意识在五根终于长完成了，也就是浮尘根、胜义根都长成了，都完全了以后，这时候意识也可以开始现行运作了。
然后在母胎当中，九个月以后就出离了母胎；这时候出离了母胎以后，就开始了种子熏现行。也就是说，我们在前面讲的现行熏种子，这些现行所熏的种子就产生了作用。所以，如果说一个人怀了两三胎以后，她就会感觉到说，每一胎的情况都不相同，有些胎儿他很好动，有些胎儿他静悄悄的。然后，有时候生下来的小孩，他的个性都完全不一样：生下来，有婴儿一天到晚在哭；但是有婴儿他却是每天静悄悄的，吃完牛奶以后他就开始睡觉。这就是因为有了过去世所熏习的种子含藏在如来藏中的缘故，所以，虽然说同一个父母所生的兄弟，但是他的个性思想往往也都不相同；这都是因为每个人前生所熏习不同，当然如来藏中所含藏的业种也就是不同。也就是说，一个人的思想、个性，会因为过去所熏习的种子而受到影响。
从以上的道理我们就可以知道，佛经中为什么从来不说“人性本善”还是“人性本恶”；而是认为人性的善恶，是因为经过多生以来的熏习，再加上后来所遇到的缘，而产生不同的表现。因为每个人多生以来所熏习的，其实都是千差万别；而在出生以后所遇到的缘，有染缘、净缘，恶缘、善缘等等，也是千变万化；所以，就有很多种不同根器、不同表现的人。譬如说，有人出生下来，他学小提琴就学得很快，有人学习起来就很慢，也就是说因为他如来藏中所含藏的种子不同。有人一出生，对于世间法他就很伶俐，他稍微看一下就知道，这个世间法的道理他就明白了；有人看了半天，学习了半天，也学不出个所以然来。这都是因为每个人在如来藏中所含藏的过去世所造的业种不同的缘故。也就是说，每个人其实在这一生当中，都是不断地种子熏现行，现行熏种子，不断地循环运作。