《起信论》之引人诤论者，端在“真如缘起”一法之说，谤者皆引此一言教而评破之，谤为伪论，诬为外道假借马鸣菩萨圣名而造此论；每每主张真如本有，非可藉由缘起之法而修成之。然而彼说之言固有其理，而马鸣菩萨所言“真如缘起门”之真实义，并无否定真如本有之意，只因其义甚深，兼述因地真如转变为佛地真如之妙义，古来少人能真证知，今时更无何人能真证知，误会马鸣菩萨论中实义故，便认定为外道假借菩萨令名所造伪论，是故自古至今多有误谤之人。
此论中妙法，主要有二：心生灭门与心真如门。心生灭门者，始从七转识之染净熏习作用，进言法界实相理体之阿赖耶识，明言阿赖耶识心体自身乃是七转识之根源，名为如来藏。又倡言“一心唯通八识心王”之说，谓若主张“众生皆唯有一心”者，则此一心唯可说为阿赖耶识，将七转识悉皆纳入阿赖耶识一心之中。又言阿赖耶识一名者函盖第八识如来藏与七转识，将此不生灭之第八识如来藏与其所生之七转识合为一心，即名之为阿赖耶识。是故自古以来，具有种智之人，常言“一心之说唯通八识”，谓阿赖耶识一心函盖八识心王也！
然为利乐初机学人，大益有情令得现观八识心王体性迥异之处，使其易得证悟阿赖耶识心体自身，欲令因此而生般若实智，往往将此一心阿赖耶识分为八识心王，并一一细说之，由是故有眼识、耳识……意根末那识乃至阿赖耶识之说。匪唯古来诸多证悟祖师如是说，我佛世尊于《楞伽经》中亦如是说，即是假为人悉檀而述第一义悉檀也！
佛地真如之神用，微妙广大，非诸等觉菩萨所能稍知；然而此一神妙难宣之广大功德早已含藏于因地真如阿赖耶识心体中，是故因地真如阿赖耶识心体本已有之，马鸣菩萨初未否定因地真如阿赖耶识心体之本已存在也。然而因地真如究非佛地真如，差异极大，悟得因地真如时仍无法获得佛地真如之广大功德，是故佛地真如实非初悟之时一蹴可几，唯除最后身菩萨示现在人间一悟成佛，是故马鸣菩萨所言佛地真如缘起之说，方是正说。
欲得成就佛地真如所需之一切成佛种子，悉皆存于如来藏阿赖耶识心体中，皆属本有未发之功德，又因阿赖耶识心体恒常显示真实性与如如性，故名因地真如。然而佛地真如所有之广大功德，要由证悟因地真如阿赖耶识心体之后浙次进修，藉心生灭门之修行缘起，历经三大阿僧祇劫之进修内容与过程而后可几，终得成就佛地真如无垢识广大功德，是名佛地真如缘起之真实义；是故真如缘起方是真正佛法，而且是最胜妙之佛法，谓佛地真如要由因地之如来藏阿赖耶识心体所含藏之七识心王有生有灭之法修行成就；故说佛地真如并非一悟可成，要由三大阿僧祇劫之累积福德，慈济众生，然后求悟般若，进修种智……等无量菩萨行之后，方可成就；由此证实真如缘起之说方是正说；绝无省去菩萨阶位修行无量难行能行之过程，而可在因地一悟即成佛道者，唯除最后身菩萨已经实修圆满此一过程。然而佛地真如心体者，因地本即存在，即是众生同等皆有之阿赖耶识心体也。此一心体又名如来藏、本际、实际、真如、如、我……等无量名，马 菩萨在论中说之为如来藏心。并谓此心配合自己所出生之七转识，则能直接、间接、辗转出生万法。由因此心能出生万法故，所出生万法必有生灭，如是而说此一实相心之生灭门，非谓第八识实相心验里储生首灭也；少闻凡夫不知论中实义，便谤言：“《起信论》说实相心体有生灭，必定是伪论。”而不知论中所言“心生灭门”者实谓阿赖耶识心体所含藏之七识心王种种生灭现象，都由八识心王合为一心之阿赖耶识而说、而摄，阿赖耶识心体自身则无生灭，故论中说：“心生灭门者，谓依如来藏有生灭心转，不生灭与生灭和合，非一非异，名阿赖耶识。”是故诽谤此论者，皆是咎由自身之未解论中实义，误会论中文字所表正义所致。
学佛之人，悟后必须了知：欲实证佛地真如无垢识者，必须悟后渐次进修，经由心生灭门中所说之一切种智修习、性障之伏除、习气种子随眠之断除、广大福德之累积，然后始得成就佛地真如心体无垢识之广大功德。若不经由心生灭门，则无由达成心真如门所欲实证之佛地真如无垢识广大功德。是故马鸣菩萨于论中说明“心生灭门与心真如门各摄一切法”，又说佛地真如之缘起，意在此也！
--------平实导师《起信论讲记（第一辑）》自序
生灭门讲的是修行成佛的过程：你应该要怎么样修行，把一念无明的烦恼障的习气种子全部断尽——现行断尽以后还要断尽习气的种子，就永远不会有“起烦恼”的现行。然后又把无始无明的随眠全部断尽；无始无明不是种子，它只有随眠与现行；无始无明的随眠全部断尽了，就不会再有“上烦恼”的现行，这样就是“心真如”，就是佛地的第八识了，又方便称为第十识真如、无垢识。这样从因地开始修除第八识的阿赖耶性，而到达解脱道的极果；再修除烦恼障的习气种子，再修除无始无明的所有随眠，成为究竟地的真如心，成为究竟佛；这个第八识转变内涵而成为佛地真如的过程，就称为真如缘起。
--------平实导师《心经密意》附录