三界唯心，万法唯识，这个问题应该说有两个面向的问题存在：
第一个就是说佛教中常说的“万法唯识”与“三界唯心”是同还是异呢？这两个的关系是怎么样呢？
其二就是佛教中的唯识，跟哲学上的唯心论，是同还是异呢？有这两个面向的问题。因为要探讨这第二个面向的问题，就是说唯识跟哲学上的唯心论是同还是异，我们就必须要先了解佛教所说唯识的真实意涵是什么，因此还是得要先来探讨第一个问题。
佛法中说“三界唯心，万法唯识”，这一句话其实已经指陈了有情生命的实相，也显示了万法的本质。它的意思就是说，三界中的一切法，包括有漏法，以及一切的无漏有为法，都是因为八识心王而出生；乃至于无漏无为法，也是因为八识心王而才能显现；如果离了八识心王，就没有一切法可得，因此说“万法唯识”。十方三世一切的有漏无漏法，既然都因为八识心王而出生或者显现，而八识心王又依第八识以及无明才会现于三界中；可是众生的无明业种以及上烦恼的随眠，又都是由各自的第八识所执持而藉缘变现，变现出我们这个色身的正报，以及世界山河的依报，因此说“三界唯心”——三界一切法都唯依第八识心而有，依着第八识心而变现，以第八识为根本。
我们就以世亲菩萨所造的《大乘百法明门论》来略为说明这个道理。世亲菩萨在这个论里面这样说：
【一切法者，略有五种：一者心法、二者心所有法、三者色法、四者心不相应行法、五者无为法。一切最胜故，与此相应故，二所现影故，三分位差别故，四所显示故，如是次第。】（《大乘百法明门论》）
就是把三界一切万法择取重要的一百法，这一百法可分为五大类，称为五位。
第一位就是心法。世亲菩萨说，一切法中以眼识、耳识、鼻识、舌识、身识、意识、末那识以及阿赖耶识这八个识，是三界万法中最重要的，是三界万法之王，所以称为八识心王，所以说一切最胜故。
因为接下来的第二位的五遍行、五别境、善十一、六根本烦恼，还有二十随烦恼以及四个不定，这总共五十一个心所有法，都是与八识心王相应，都是为八识心王所有。
乃至再接着第三位的色法，包括了眼、耳、鼻、舌、身的五根，还有色、声、香、味、触的五尘，另外还有一个法处所摄色，总共十一个色法，都是由八识心王和五十一个心所有法，这二位法合起来共生而显示幻影幻灭的影像，这个色法其实是幻影幻灭的影像。
然后第四位呢，是心不相应行法，里面像得、命根、众同分，乃至于说像生、老、方、时、数等等，总共有二十四个；这个二十四个心不相应行法，它就是由心王、心所有法以及色法，或者是由其中一位所显现，或者是说由二位、三位和合而显现，依这三个分位差别法，来说有这二十四个心不相应行法。
第五位是无为法，就是里面包括了虚空、择灭、非择灭、不动、想受灭、真如等六种无为法；这六种无为法它则是由前面的四个位的法，也就是心王、心所、色法以及心不相应行法和合而显示。
最后世亲菩萨说“如是次第”，这个意思就是说，佛法不离三界，都是由心王、心所、色法、心不相应行法还有无为法，这五位法次第辗转地在三界中出生显现。
“三界唯心”、“万法唯识”是佛教的根本理论，有人据此指责佛教是“唯心主义”，这里先辨析作为哲学两大阵营——唯物论与唯心论的偏颇之处，再来区别“三界唯心”与“唯心主义”之不同。
哲学有一个基本的问题，就是物质与意识（精神）谁是第一性的问题，也就是先有物质还是先有意识（精神）的问题，并据此划分唯物主义、唯心主义。唯物论主张先有物质后有意识、意识是物质的产物。唯心论主张先有意识（精神）后有物质、物质是意识（精神）的产物。
唯物论者观察到只有人体保持正常的生理活动，才有意识现象的存在，若身体失常，譬如大脑被麻醉了，或者人死了，意识就不存在了，于是据此得出了物质决定意识的结论。譬如我国南北朝时期的范缜就认为，“精神”如同刀的“锋利”，如果离开了刀（人体），就不会再有“锋利”（精神）的存在。唯物论的观点比较“实在”，很容易为人所理解、观察、接受。
唯心论者观察到物质是没有灵性的，而人是有灵性的，故人并非纯粹是物质的。譬如观察到人身（包括大脑）不过是血肉之躯，单纯的血与肉无论如何组织，都不可能产生“灵性”、“思想”。人体犹如电脑的硬件（肉体、大脑），离开了软件（心），就是一堆无用的废铁。于是唯心论者就推断：既然肉体（包括大脑）没有灵性，就没有精神与意志，那么精神（意识）必然是原本就存在的，物质只能是精神（意识）的产物，故精神（意识）是世界的本原。譬如古希腊哲学家柏拉图认为，世界是由“理念世界”与“现象（现实）世界”组成的，理念世界是真实的存在，现实世界只是理念世界的影子。中世纪经院哲学认为“灵魂”是精神实体，可以脱离肉体而存在。被誉为“现代哲学之父”的法国哲学家笛卡尔提出了“意识”与“物质”相互独立的二元论，英国经验论的代表人物巴克莱主张意识是世界的本原。唯心论的观点比较抽象，难以理解与观察。
唯物论与唯心论所作的观察与推论都有一定的道理，但也各有偏颇之处。
唯物论认为事物都是由各种因素在一定条件下组成的，都处于运动中，也都会坏灭，这类似佛教的缘起论。因为无明，唯物论者观察不到不生灭的“心”（第八识）在作用，只能观察到有生灭的“心”（识蕴的六识）的存在。识蕴的六识心，须以六根、六尘相触为缘，由藏识流注六识种子，六识心才能现起；若身体毁坏，无根、尘相触，藏识便不流注六识种子，即无六识现象。由于唯物论者只能观察有生灭的“心”的一些生灭现象——如当人的大脑被麻醉后，就没有意识的存在了，于是就得出了一切唯物的结论，这是相当片面的。并且唯物论面对一些先天因素——“秉性”、“天赋”的时候，也无法作出合理的解释。譬如俗语说“龙生龙凤生凤，老鼠天生会打洞”，为什么不用学习，老鼠天生就会挖洞？孩子生下来就会啼哭、吃奶？唯物论认为是基因携带了遗传信息所致。然遗传基因是由脱氧核糖核酸(DNA)在染色体上作特定的线状排列所决定的，DNA仅仅是一种物质（大分子聚合物），如何会具有逻辑思维性，无需其他原因就能自行排列成携带遗传信息的基因？DNA经过特定的排列组合，如何就会让人（动物）具有灵性？若一切先天因素都是遗传基因发生作用的结果，那么一母所生的双胞胎，基因大致相同，后天生活环境也相同，为何有的个性、智商会相差很大？可知，先天因素绝非是由物质（基因）决定的，先天因素，以及DNA的排列顺序必然是由能储存信息且能作用于物质的“心”（藏识）所决定的，唯有“心”才有智慧，才有“逻辑思维性”。此“心”（藏识）必然在胎儿阶段就能作用于受精卵，使得受精卵能按照“心”的“意愿”去生长，若离开“心”的作用，受精卵仅仅是一团肉（物质），没有知觉，没有灵性，绝无法自行长成人类的模样。再者，若人身仅仅是物质的积聚，那么只要持续地增加营养，身体就应该能不停地长高长大，事实显然不是这样的。是以遗传现象的背后，必然是具有灵性的“心”（藏识）在控制着这一切，唯物论无法发现此“心”（藏识）的存在，所看到只是表面现象而已。唯物论者认为“人死如灯灭”，不信轮回，不信因果报应，这种人生理念若不加以正确引导，有演化成极端利己主义的可能。今人大多信仰唯物论，过于迷信科学。科学乃三界有为法，只能研究物质世界的一些现象，无法切入“心灵”层面，是以许多科学家——如居里夫人、爱迪生、牛顿等仍有宗教信仰，且不论他们所信仰的宗教正确与否。科学发展于造福人类的同时，应朝向揭示真理以提升人类道德品质方面努力，依靠人类自身的善行所得的福报来改善现状，若将科技用于竞争劫夺，必将导致人类的自我毁灭。
唯心论者观察到物质（肉体）没有灵性，没有思想，认为“精神”（心）可以独立存在，观察的方向虽然正确，但是因为无明，他们和唯物论者一样，也不知道自心藏识的存在，故其所认为的“精神”——“理念世界”、“灵魂”、“意识”等，有的是臆想，有的是因缘所生法，都不能独自存在，更无法决定物质。
因此，无论唯心论，还是唯物论在解释物质与精神的关系时，都落于偏颇，唯有佛教所说的“三界唯心”，才能正确全面地揭示出物质与精神的本质。
虽然从哲学的角度来划分，可以将佛教所说的“三界唯心”划归唯心一元论（一元论是指主张世界的本原只有一个的哲学学说），但是佛教的“三界唯心”所说的“心”，并非唯心主义所说的“理念世界”、“灵魂”、“意识”、“精神”等，而是唯心主义所不知的本心第八识阿赖耶识（异熟识）。此“心”若经参禅开悟即可实证、体验，而非学术上的假想与推理。故佛法所说之“三界唯心”迥异于唯心主义的观点。
还有学人不明白佛说之“心能造物”的原理，遂将佛说之能生万法之藏识与一神教所说之第一因的造物主（上帝、梵）等同起来，其实二者的本质是完全不同的。譬如，佛教实证在无始劫以来，轮回之众生以及其所生活的宇宙器世间就存在，并非先有藏识，之后藏识再造出有情及器世间；一神教则认为先有造物主，而后造物主创造了一切。藏识与所造之众生非一非异，和合运作，藏识也能被其所造之众生的身口意行所熏；而造物主则是完全凌驾于所造物之上的。器世间是共业有情各自的藏识共同造就的，一神教则认为器世间是造物主一人所造的。藏识是无我性的，没有好恶，随缘应物而不作主，藏识所造器世间及有情色身之优劣所依据的是藏识内业种的染净程度；上帝是有我性的，上帝造物不是依据个人喜好，就是随心所欲……故不能把三界唯心等同于外道的第一因论。