万福寺位于福建福清市渔溪镇西北的黄檗山上。黄檗山古时以盛产黄檗木而得名。唐贞元五年(789年),莆田人正干从六祖慧能处学禅得法后回闽,路经黄檗山,爱其山川灵秀,想起师父“遇苦即止”的赠语,因悟“黄檗味苦”,便开山结茅,募缘建寺,初名“般若堂”。贞元八年(792年),又于堂之东向增辟院落,禅寺粗具规模,朝廷赐名为“建福禅寺”,俗称“黄檗寺”。大中二年(848年),希运来此出家。他后至江西百丈山参拜怀海,得传心印后又返回黄檗山。怀海传希运、希运传义玄,黄檗山成为临济宗的发源地之一。宋时宗风犹盛,绍兴年间(1131-1162年),临济宗杨歧派善果禅师从湖南沩山来此住持,达10年之久。元朝时逐渐衰微,寺几荒废。明洪武二十三年(1390年),寺僧大休得莆田周心鉴居士之助重修殿宇,香火盛极一时。嘉靖三十四年(1555年),倭寇侵扰福建沿海,寺毁于战乱中。隆庆初(1567-1568年)僧中天发愿重修,并进京奏请藏经,苦候8年未果,竟圆寂于京师。其徒孙鉴源、镜源继承遗志又进京,越六寒暑,得邑人宰相叶向高之助,朝廷乃赐藏经678函、紫袈裟三袭,同时赐额“万福禅寺”,一直沿用至今。时殿宇尚未修复,鉴源、镜源回寺后即着手修建大殿与法堂,叶向高亦捐建一座藏经阁,寺院始起衰转盛。崇祯二年(1629年)又建东西客堂,寺僧赴湖州金粟山广慧寺礼请密云圆悟为住持。崇祯六年(1633年)密云退居,费隐通容禅师继席,隐元被推为西堂。崇祯十年(1637年)隐元得传心印,住持黄檗山万福寺,他远到漳州、潮州一带募化,经过数年的辛苦经营,修建了大雄宝殿、法堂、山门、斋堂、钟鼓楼、库房、寮舍等大小30余处。同时,隐元还大力弘扬临济宗风。清顺治十一年(1654年)隐元东渡日本,由其门人慧门性沛接任住持。至清乾隆年间(1736-1795年),寺又趋衰微,僧清馥一度募化修复。1928年突遭山洪之劫,寺院损失严重。1949年又罹火灾,千年古刹毁于一炬,藏经、文物焚毁殆尽。