为什么阿赖耶识会有本来存在的涅槃性呢？关于这一点，我们就要说到阿赖耶识的本来自性清净涅槃的体性。先说“本来”性；阿赖耶识的本来性，祂不是父母生的，也不是上帝创造的，也不是佛菩萨所给的，而是每一个有情众生从无始以来就有的；祂不是后来才出生的，所以说涅槃境界不是有生之法。有生的东西将来一定会灭掉，没有生就没有灭；因为祂本来就无生，所以祂不灭，这叫作本来性，所以涅槃是不生不灭的。阿赖耶识具有这本来就有的涅槃境界，所以说这个涅槃叫作“本来”自性清净涅槃。
接着我们再来说“自性”性，这个自性性又可以分成很多种：是空性，也是有性；祂具有能生性，也具有所生性。所以祂也是具备能生、所生的有为法，如果祂没有这能生、所生的有为法体性，那你上一辈子入了母胎之后，还可以变现出来现在这个身体吗？不可能的！因为你的祂有这个变现的能力，所有经由妈妈所供给你血液、养分和生长的环境，你就能够靠着祂来变现这一世的身体。所以说祂具有“有性”，祂能够变现出“三界有”的这种体性，就是祂的自性之一。也就是说，祂有能生万法的体性，这就是能生性；而祂所出生的万法，就是祂的所生性；因为祂所出生的万法也都附属于祂，所以万法就是祂的所生性。
另外祂还具有空性，这空性也是祂的自性之一。为什么是空性呢？因为祂无形无色，也因为祂不落入三界六尘的境界当中，所以是空性。那为什么不叫“空有性”呢？因为众生执着三界有，所以不叫作有性，故意叫祂作空性。如果有个世界的众生统统执着空，那就告诉他们“如来藏阿赖耶识是有性”。自心如来藏除了这个空性和有性之外，祂在三界中，尤其在你身体中现行的时候，又有祂的“自性性”：就是离见闻觉知，绝对不作主，完全随缘，对你绝对是死忠的。除此之外，祂还有一些自性是不可以讲的，讲了以后密意就会泄漏了，这要你们自己去体验，才能够发起胜妙的智慧。
接着我们再来说阿赖耶识的“清净”性，因为祂从无始劫以来本来就是离见闻觉知的；没有意识心能见能闻之性，所以绝对不会起贪厌和瞋怒的心行。当你看见一朵花很漂亮的时候，就会多看一眼，但是你在看的时候，祂不会看；当你看见一堆狗屎，觉得很恶心不想看的时候，祂还是无所谓，没有看或不看的问题；当你走过珠宝店的时候，看见一尊翡翠观音雕像，翠绿透明又厚又大，雕工又好，真是一件稀世珍宝，你会想要多欣赏一会儿，但是你在看的时候，祂却不看；当你看见一只凶猛野狗跑过来，你会想赶快逃，但是祂却无所谓，都随便你。你逃祂就跟着你逃，你看祂就跟着你看，可是你逃的时候祂没有逃，你看的时候祂也没有看。可是如果你听了这句话，就认为祂没有逃也没有看，那就误会了，因为事实上祂比你早“看”到，也逃得比你厉害。这些话听起来好像前后逻辑不通，但其实一点儿都没错，事实上就是这个样子，法界的真相也是这样；可是这其中的密意你不知道，那是因为你还没有开悟找到如来藏，无法知道祂真正运作的原理；但是，真心如来藏就是这么奇怪，这就是祂的“清净”性；祂有这种“清净”性：不贪、不厌、不瞋、不爱，所以祂是本来，是自性，也是清净。
最后再来说阿赖耶识的涅槃性，何谓涅槃性呢？涅者不来，盘者不去，祂永远都不来不去，所以说是涅槃。涅者不生，盘者不灭，祂的心体永远都不生不灭，所以是涅槃。涅者不断，盘者不常，祂的心体永远不断，种子永远不常，所以说是涅槃。祂总是离两边，永不出生，恒不断灭，所以是涅槃。是故经中佛说“阿赖耶识同于涅槃”。这个自心如来藏的本来性、自性性、清净性和涅槃性，都是本来就圆满具足的，都是本来就已经显现出来的，不是因为你修行了之后祂才有的，所以说涅槃是不生不灭。以上所说真心如来藏的本来自性清净涅槃体性，是所有众生本来就圆满具足的，不是要靠修行才能获得。所以佛说一切众生皆是本来常住涅槃。